Poco después de establecida la frontera
en el río Biobío, un sacerdote jesuita,
el padre Luis de Valdivia, logró la
aprobación de la Corte para reducir a
los indígenas en forma pacífica, es decir,
mediante misiones evangelizadoras,
mientras las fuerzas militares se
mantenían a la defensiva. Esto, en
contraposición con la guerra ofensiva
que se libró anteriormente, donde solo
se dio la lucha frontal y directa contra
los indígenas. Sin embargo, la primera
entrada de tres misioneros terminó en
tragedia, ya que fueron asesinados por
los indígenas y el sistema se vino abajo.

Debido a la falta de indígenas para el
trabajo en las haciendas, la Corona decretó
en 1608 la esclavitud de los aborígenes
detenidos en la guerra, y su valor era
repartido entre el gobernador, los oficiales
y los soldados. Con esto, el concepto de esta
guerra fue cambiando, organizando expediciones
con el pretexto de atacar a aborígenes
subversivos; pero el verdadero motivo
era capturar esclavos, lo que se conoció
con el nombre de malocas. Los aborígenes,
por su parte, efectuaban malones o ataques
sorpresivos a las estancias o lugares
fronterizos para robar ganado, mujeres y niños.

La guerra defensiva contempló los siguientes aspectos:

Se mantuvo la línea defensiva en el Biobío,
prohibiendo a los militares pasar más allá.
Se mantuvo el ejército permanente.
Se estudió un sistema de tributos para los
araucanos, que reemplazaría el trabajo en encomiendas.
Se suspendió la Real Cédula que declaraba
esclavos a los aborígenes.
Se perdonó en nombre del rey a todos los
rebeldes.
El padre Valdivia debía organizar la predicación
entre los araucanos, pero a pesar de sus
esfuerzos y los del gobernador Alonso de
Ribera, la guerra defensiva no prosperó.
Mapuches y españoles continuaron luchando.
Este tipo de guerra existió legalmente hasta
el año 1626, cuando Felipe IV autorizó volver
a la guerra ofensiva y declaró vigente la Real
Cédula de 1608, que hacía esclavos a los rebeldes.